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R-cran-Biobase
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…
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R-cran-BiocGenerics
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…
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R-cran-BiocManager
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…
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abyss
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…
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ad2vcf
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…
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|
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andi
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…
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artemis
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…
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|
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atac-seq
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…
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|
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augustus
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devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
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avida
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…
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|
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babel
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…
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|
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bamtools
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…
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|
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bamutil
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…
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|
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barrnap
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…
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bbmap
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…
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bcf-score
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…
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bcftools
|
…
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bedtools
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…
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|
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bfc
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…
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|
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bifrost
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…
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bio-mocha
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…
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bioawk
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…
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biococoa
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…
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biolibc
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…
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|
biolibc-tools
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…
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bioparser
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…
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biosig
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…
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biosoup
|
…
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|
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biostar-tools
|
…
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|
bolt-lmm
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
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2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
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bowtie
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…
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bowtie2
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…
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btllib
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…
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|
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bwa
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…
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|
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canu
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
|
cd-hit
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…
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cdbfasta
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…
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|
|
chip-seq
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…
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|
clustal-omega
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…
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|
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clustalw
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…
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|
|
coverm
|
lang/rust: Bump revisions after 1.91.1
|
2025-11-11 12:08:12 +01:00 |
|
cufflinks
|
biology/cufflinks: fix build with Boost-1.89 (+)
|
2025-10-22 03:04:20 +03:00 |
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cytoscape
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…
|
|
|
ddocent
|
…
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|
|
diamond
|
biology/diamond: Update to 2.1.15
|
2025-11-05 13:05:53 -04:00 |
|
dsr-pdb
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
|
edlib
|
…
|
|
|
emboss
|
…
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|
|
erminej
|
…
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|
|
exonerate
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…
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fasda
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…
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fasda-utils
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…
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fasta
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…
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fasta3
|
…
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|
fastahack
|
…
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fastani
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…
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fastdnaml
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…
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|
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fastool
|
…
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fastp
|
…
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|
|
fastq-trim
|
…
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|
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fastqc
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…
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|
fasttree
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…
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fastx-toolkit
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…
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fermi-lite
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…
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figtree
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…
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flash
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…
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fluctuate
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…
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freebayes
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…
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|
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garlic
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…
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gatk
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…
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gcta
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…
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gemma
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…
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generand
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…
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gff2ps
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…
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gffread
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…
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gkl
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…
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gmap
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…
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gperiodic
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…
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graphlan
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…
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|
|
groopm
|
…
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|
haplohseq
|
biology/haplohseq: fix build with Boost-1.89 (+)
|
2025-10-22 03:04:22 +03:00 |
|
hhsuite
|
…
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hisat2
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…
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hmmer
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…
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htslib
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…
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hyphy
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…
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igv
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…
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infernal
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…
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iolib
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…
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iqtree
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
|
jalview
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…
|
|
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jellyfish
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…
|
|
|
kallisto
|
…
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|
|
kmcp
|
various: Bump Go ports for 1.24.10
|
2025-11-06 12:03:19 -05:00 |
|
lamarc
|
…
|
|
|
libbigwig
|
…
|
|
|
libcombine
|
…
|
|
|
libgff
|
…
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|
|
libgtextutils
|
…
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|
libneurosim
|
…
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libnuml
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…
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|
|
libsbml
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…
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|
|
libsedml
|
…
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|
|
linux-foldingathome
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…
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|
locarna
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…
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|
mafft
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…
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mapm3
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…
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mashmap
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…
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mca-calling
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…
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megahit
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…
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|
metaeuk
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…
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migrate
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…
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minimap2
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…
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mmseqs2
|
…
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|
molden
|
biology/molden: Take maintainership
|
2025-11-05 07:30:24 -08:00 |
|
mothur
|
…
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|
|
mrbayes
|
…
|
|
|
mummer
|
…
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|
muscle
|
…
|
|
|
ncbi-blast+
|
…
|
|
|
ncbi-cxx-toolkit
|
biology/ncbi-cxx-toolkit: update 29.6.0 → 29.7.0
|
2025-11-03 23:21:32 -08:00 |
|
ncbi-entrez-direct
|
various: Bump Go ports for 1.24.10
|
2025-11-06 12:03:19 -05:00 |
|
ncbi-toolkit
|
…
|
|
|
ngs-sdk
|
…
|
|
|
p5-AcePerl
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…
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|
p5-Bio-ASN1-EntrezGene
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…
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|
|
p5-Bio-Cluster
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…
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|
|
p5-Bio-Coordinate
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…
|
|
|
p5-Bio-DB-EMBL
|
…
|
|
|
p5-Bio-DB-NCBIHelper
|
…
|
|
|
p5-Bio-Das
|
…
|
|
|
p5-Bio-Das-Lite
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…
|
|
|
p5-Bio-FeatureIO
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…
|
|
|
p5-Bio-GFF3
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…
|
|
|
p5-Bio-Glite
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…
|
|
|
p5-Bio-Graphics
|
…
|
|
|
p5-Bio-MAGETAB
|
…
|
|
|
p5-Bio-NEXUS
|
…
|
|
|
p5-Bio-Phylo
|
…
|
|
|
p5-Bio-SCF
|
…
|
|
|
p5-Bio-Variation
|
…
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|
|
p5-BioPerl
|
…
|
|
|
p5-BioPerl-Run
|
…
|
|
|
p5-TrimGalore
|
…
|
|
|
p5-transdecoder
|
…
|
|
|
paml
|
…
|
|
|
pbbam
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
|
peak-classifier
|
…
|
|
|
pear-merger
|
…
|
|
|
phrap
|
…
|
|
|
phred
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…
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|
phyml
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…
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|
|
picard-tools
|
…
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|
|
plink
|
…
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|
|
pooler
|
…
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|
|
preseq
|
…
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|
|
primer3
|
…
|
|
|
prodigal
|
…
|
|
|
prodigy-lig
|
…
|
|
|
protomol
|
…
|
|
|
psi88
|
…
|
|
|
py-Genesis-PyAPI
|
…
|
|
|
py-PySCeS
|
…
|
|
|
py-bcbio-gff
|
…
|
|
|
py-biom-format
|
…
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|
|
py-biopython
|
…
|
|
|
py-biosig
|
…
|
|
|
py-bx-python
|
…
|
|
|
py-crossmap
|
…
|
|
|
py-cutadapt
|
biology/py-cutadapt: update to 5.2
|
2025-10-29 08:41:05 +01:00 |
|
py-deeptools
|
…
|
|
|
py-deeptoolsintervals
|
…
|
|
|
py-dna-features-viewer
|
…
|
|
|
py-dnaio
|
biology/py-dnaio: Update to 1.2.4
|
2025-10-22 07:25:06 +00:00 |
|
py-ete3
|
…
|
|
|
py-gffutils
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…
|
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py-goatools
|
…
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py-gtfparse
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…
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py-hits
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…
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py-htseq
|
…
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|
py-libnuml
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…
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py-libsedml
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…
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py-loompy
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…
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|
py-macs2
|
…
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py-macs3
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…
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|
py-mrcfile
|
…
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py-multiqc
|
…
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py-newick
|
…
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py-ont-fast5-api
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…
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py-pandas-charm
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…
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py-py2bit
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…
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|
|
py-pybigwig
|
…
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py-pydeseq2
|
…
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|
py-pyfaidx
|
…
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|
|
py-pyrodigal
|
…
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|
|
py-pysam
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…
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|
|
py-python-libsbml
|
…
|
|
|
py-pywgsim
|
…
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|
py-resdk
|
…
|
|
|
py-scikit-bio
|
…
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|
py-valerius
|
…
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|
|
py-xenaPython
|
…
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|
|
pyfasta
|
…
|
|
|
python-nexus
|
…
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|
|
rainbow
|
…
|
|
|
rampler
|
…
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|
|
readseq
|
…
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|
|
rna-seq
|
…
|
|
|
ruby-bio
|
…
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|
|
rubygem-bio
|
…
|
|
|
rubygem-bio-executables
|
…
|
|
|
rubygem-bio-old-biofetch-emulator
|
…
|
|
|
rubygem-bio-shell
|
…
|
|
|
salmon
|
devel/boost: bump consumers after boost upgrade (+)
|
2025-10-20 14:48:39 +03:00 |
|
sam2pairwise
|
…
|
|
|
samtools
|
…
|
|
|
scrm
|
…
|
|
|
seaview
|
…
|
|
|
seqan
|
…
|
|
|
seqan-apps
|
…
|
|
|
seqan1
|
…
|
|
|
seqan3
|
…
|
|
|
seqkit
|
various: Bump Go ports for 1.24.10
|
2025-11-06 12:03:19 -05:00 |
|
seqtk
|
…
|
|
|
seqwish
|
…
|
|
|
sigviewer
|
…
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|
|
slclust
|
…
|
|
|
smithwaterman
|
…
|
|
|
snpeff
|
…
|
|
|
spoa
|
biology/spoa: update 4.1.0 → 4.1.5
|
2025-11-04 22:57:34 -08:00 |
|
sra-tools
|
…
|
|
|
stacks
|
…
|
|
|
star
|
…
|
|
|
stringtie
|
…
|
|
|
subread
|
…
|
|
|
tRNAscan-SE
|
…
|
|
|
tabixpp
|
…
|
|
|
taxonkit
|
various: Bump Go ports for 1.24.10
|
2025-11-06 12:03:19 -05:00 |
|
treekin
|
…
|
|
|
treepuzzle
|
…
|
|
|
trimadap
|
…
|
|
|
trimmomatic
|
…
|
|
|
ucsc-userapps
|
…
|
|
|
ugene
|
…
|
|
|
unikmer
|
various: Bump Go ports for 1.24.10
|
2025-11-06 12:03:19 -05:00 |
|
vcf-split
|
…
|
|
|
vcf2hap
|
…
|
|
|
vcflib
|
…
|
|
|
vcftools
|
…
|
|
|
velvet
|
…
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|
|
viennarna
|
…
|
|
|
vsearch
|
…
|
|
|
vt
|
…
|
|
|
wfa2-lib
|
…
|
|
|
wise
|
…
|
|
|
Makefile
|
…
|
|
